A Secretaria de Estado de Saúde – SES e o Fundo Estadual de Saúde devem prestar contas anualmente aos órgãos de controle interno (Controladoria Geral do Estado-CGE-RJ) e de controle externo (Tribunal de Contas do Estado-TCE-RJ), evidenciando o desempenho de suas gestões e a correta aplicação dos recursos públicos, em conformidade com as normas aos quais estão subordinados.

A CGE-RJ, por meio da Auditoria Geral do Estado, tem como uma de sua competência a de auditar as prestações de contas anuais, visando verificar as informações prestadas pelos administradores públicos estaduais e analisar os atos e fatos de gestão, com vistas a instruir o processo de prestação de contas a ser submetido a julgamento pelo TCE-RJ.